秋祭りは１０月１９日～２６日に及び、２５日は例大祭が執り行われます、中でも上野文化美術保存会による、鬼・だんじり供奉行列が盛大であり、１９日の早朝に２基の神輿は本社から東旅所(市内上野車坂町)へ渡御します。
２５日直近の日曜日には神幸祭が執り行われ、東旅所を神輿が発し、本町通りを巡幸して上野幸坂町の西旅所へ渡御、御昼祭を執り行います。午後は二の町通り、三の町通りを巡幸して、午後３時頃に本社へ還り、例大祭が斎行されます
日本最大と云われる三十余貫(１２０㎏)の大御幣が神輿に続き、役の行者が大峯入りに凝らしたと云われる大鬼・小鬼の奇妙な仮装行列が続き、次に９ヶ町の楼車が神輿に供奉し巡行する長蛇の列は、紅葉に映える城下町伊賀上野の粧いこらした一大絵巻であり、約４００年の伝統が偲ばれます。
当日の参詣者は伊賀一円はもとより、県内を始め、滋賀県、京都府、奈良県などに隣接する方面からの参詣者も多く十数万人を数え、境内を中心に市内各所に露店が軒並べ、市中は歩行者天国であります。平成１４年、「上野天神祭のダンジリ行事」として国指定重要無形民俗文化財として指定を受け、平成２８年１２月１日にはユネスコ無形文化遺産に登録されています
この祭礼は万治3年（1660）9月に藤堂藩の許可を得て再興され、その2年後寛文2年（１６６２）には、神輿が丸之内を渡御するようになった。貞享5年（1688）に3代藩主 藤堂高久が初めて天神祭礼をご覧になり、作り花などが行列に参加していた、その後各町衆が趣向を凝らし、現在の神輿・鬼・だんじり（9基）行列の形態が整ったのは文化・文政期（１８０４～１８３０）ごろである。
毎年、だんじりは9月9日に籤取神事が取り行われ、その年の巡行の順番が決定する、この籤取神事を境に各町は祭りの準備やだんじりで演奏される笛・カネ・太鼓の練習が慌ただしくなる
行 列 順 次
上野車坂町 こども神輿
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女性神輿
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氏子青年会（菅青会）神輿
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前駆２名
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金棒２名
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社名旗２名
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獅子２名
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真榊２名
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稚児２名
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楯・鉾４名
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毛槍児童２０名
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供奉児童４５名
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八乙女４５名
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弓矢２名
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荷太鼓２名
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錦蓋２名
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菅蓋２名
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翳４名
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神輿曳児童６０名
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神輿（天満宮）
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神輿（九社宮）
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神輿委員１０名
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神職（人力車）２名
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鬼
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だんじり9基
